Philippe Dufour est diplômé d'un MBA de la London Business School et d'un Master en Économie de l'université d'Aix-en-Provence. Il débute sa carrière en 1989 comme Directeur de l’unité de production de Rhône Poulenc en Nouvelle-Zélande. En 1990, il devient Directeur régional pour Econocom, et en 1993, pour le groupe d'ingénierie informatique Transiciel.
En 1998, il rejoint le cabinet de conseil en stratégie Parthénon au Royaume-Uni puis aux États-Unis.
En 2000, il fonde PrePay Technologies à Londres, qu'il cède en 2007 au groupe Accor et dont il conserve la direction jusqu'en 2009. En 2010, il est nommé Directeur général de la Stratégie et du Développement d’Edenred. En 2012, il prend la Direction générale des Investissements Alternatifs.